1950年-1980年

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合并之初，49人队的成绩并不算突出，这31个球季之间，仅4度有季后赛的纪录而已；在1957年球季拿下第一名，但在国联分区季后赛中不敌底特律雄狮，因而无缘队史第一座的联会冠军，除此之外大多的时间都在后段班，没有太多的机会冲击到季后赛；大联盟合并后，在1970年—1972年间，49人队完成了队史首次的分区3连霸，但是在季后赛却总是过不了达拉斯牛仔这关，连续3年在季后赛都输给牛仔队；此后，49人实力开始下滑，加上同组的洛杉矶公羊开始它们的盛世，在1973年—1979年这段期间完成分区7连霸，让49人更加难以靠近季后赛的大门。

1981年-2002年

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长达22年的球季时间，49人队可说是常胜军的代名词，由蒙坦拿、杰里·赖斯（英语：Jerry Rice）、扬三位名人堂球星领衔的49人队，横跨3个不同的年代(80年代、90年代和千禧年初期)，有18个球季打晋级到季后赛，更在1981年、1984年、1988年、1989年级1994年这5个球季拿下最后的超级碗冠军，但在史蒂夫．杨由于脑震荡提早宣布退役，加上90年代中、后期绿湾包装工的崛起，95、96、97年连续3年在季后赛败在绿湾包装工手上，让49人队在90年代末期及千禧年初期不像在80年代如此呼风唤雨，但即使如此，也没有人敢小看这支经验老到的球队。

2003年-2016年

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2003年~2010年连续8个球季49人队都未进入季后赛，2011年他们请来了史丹佛大学的主教练吉姆·哈博担任新任主教练，他把球队拉回正确的轨道，让49人在2011年赛季再次重返了国联决赛，可惜败给了由小曼宁所带领的纽约巨人队；2012赛季，原本先发四分卫史密斯（英语：Alex Smith）受伤后，由卡佩尼克（英语：Colin Kaepernick）替补上场，他靠者灵活的脚步移动和速度飞快的自行冲刺，令人大为惊艳，成功地带领49人进入季后赛，并且在后来史密斯康复后，也持续先发，加上联盟最为顶级的防守他们再次杀入国联决赛，并且击败亚特兰大猎鹰，杀入超级杯，但以31-34败于巴尔的摩乌鸦，也使得49人队中止了超级碗5连胜的傲人纪录；2013赛季，49人队依然拿下12胜的佳绩，但同组的西雅图海鹰在该季更拿下13胜，取得分组第1，也使得49人队只得以第5种子一路从外卡出发，并再度杀到了国联决赛，但由于最后一次的传球被海鹰队的谢尔曼Richard Sherman拍掉而告终，结束13年赛季；2014年赛季，是49人队最惨的赛季之一，在赛季前半段，进攻组几乎除了四分卫以外全部受伤过，整条进攻锋线更是全部为替补，中锋还一度由左护锋来作替代，最后也仅以8胜结束球季，无缘季后赛；2015年休赛季期间，更是全联盟人员流失最为严重的队伍，没有之一。明星线卫威利斯（英语：Patrick Willis）宣布退役、老将跑卫戈尔（英语：Frank Gore）离队、而外接手魁布奇（英语：Michael Crabtree）去了奥克兰突击者、全明星护锋麦克．尤菩提Mike Iupati也远走亚特兰大猎鹰、全明星防守截锋史密斯（英语：Justin Smith (linebacker)）也退休了，这使得49人队最终以5胜结束2015年赛季；2016年赛季，整个赛季气氛低迷不说，又在季前热身赛对绿湾包装工时发生了四分卫卡佩尼克的“国歌风波”事件，让49人队整季都处于一种动荡不安的局势中，最后也仅完成对洛杉矶公羊队的主客场双杀，拿下仅有的2胜，以2胜14负结束球季；2017年休赛期期间四分卫卡佩尼克离开，但也在这期间找来上季担任亚特兰大猎鹰队进攻组教练的Kyle Shanahan担任新球季的主帅，期盼能将帮助亚特兰大猎鹰队打进超级碗的经验能够帮助49人队，完成重建的工作，重返荣耀。

现今

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2017年赛季，49人队开局相当不顺，尤其四分卫的表现更是惨担，导致前11场比赛就输掉10场，而49人队也在第10场打完也作了交易决定，向爱国者队换来替补四分卫Jimmy Garoppolo，当首发四分卫及原来替补四分卫分别因伤及交易没人时，Jimmy Garoppolo顶替上场却打出精彩的表现，带领49人队以5连胜结束球季，也让49人队先以特权标签挽留，最终也达成协议签定5年1.375亿美元合同，完成了重建的第一步。

2019年赛季，靠著防守组的好表现（国联失分最低，联盟第6），49人相隔6年后再次重返季后赛，并且打入超级杯，但以20-31不敌堪萨斯城酋长。